As linhas de ônibus do intermunicipais de Santos, gerenciadas pela EMTU, são operadas pelo BR Mobilidade Baixada Santista SPE.
Linha Metropolitanas (gerenciadas pela EMTU)
902TRO São Vicente (Conjunto Tancredo Neves) – Santos (Centro)
903TRO São Vicente (Japuí) – Santos (Praça dos Andradas)
906TRO Cubatão (Fabril) – Santos (Ponta da Praia)
907TRO São Vicente (Conjunto Tancredo Neves) – Santos (Centro)
910TRO Peruíbe (Terminal Rodoviário) – Santos (Terminal Rodoviário)
915TRO São Vicente (Nautica III) – Santos (Canal 4)
917TRO Cubatão (Usiminas) – Santos (Ponta da Praia)
918TRO Cubatão (Jardim Caraguata) – Santos (Ponta da Praia)
919TRO Cubatão (Jardim Nova República) – Santos (Ponta da Praia)
921TRO Itanhaem (Terminal Rodoviário) – Santos (Terminal Rodoviário)
925TRO São Vicente (Nautica III) – Santos (Centro)
927TRO Praia Grande (Jardim Samambaia) – Santos (Ponta da Praia)
931TRO Praia Grande (Jardim Samambaia) – Santos (Paquetá)
932TRO São Vicente (Parque das Bandeiras – Gleba III) – Santos (Paquetá)
932DV1 São Vicente (Parque das Bandeiras – Gleba III) – Santos (Paquetá)
933TRO São Vicente (Humaitá) – Santos (Paquetá)
933BI1 São Vicente (Parque Continental) – Santos (Paquetá)
933DV1 São Vicente (Humaitá) – Santos (Paquetá)
934TRO Praia Grande (Terminal Tatico) – Santos (Paquetá)
934EX1 Praia Grande (Terminal Tatico) – Santos (Paquetá)
936TRO Cubatão (Cota 200) – Santos (Ponta da Praia)
939TRO São Vicente (Parque Continental) – Santos (Paquetá)
939DV1 São Vicente (Parque Continental) – Santos (Paquetá)
940TRO São Vicente (Humaitá) – Santos (Ponta da Praia)
941TRO Praia Grande (Jardim Melvi) – Santos (Conjunto Athie Jorge Cury)
942TRO São Vicente (Humaitá) – Santos (Ponta da Praia)
943TRO São Vicente (Parque das Bandeiras – Gleba III) – Santos (Ponta da Praia)
944TRO Santos (Jardim Radio Clube) – Santos (Boqueirão)
947TRO São Vicente (Humaitá) – Santos (Ponta da Praia)
948TRO São Vicente (Parque das Bandeiras – Gleba III) – Santos (Ponta da Praia)
949TRO Guarujá (Ferry Boat) – Santos (Caruana)
949DV1 Guarujá (Ferry Boat) – Santos (Caruana)
951TRO Guarujá (Centro) – Santos (Monte Cabrão)
952TRO São Vicente(Nautica III) – Santos (Ponta da Praia)
953TRO São Vicente (Terminal Barreiros) – Santos (Terminal Porto)
(Obs.: Esta é a linha do VLT)
954TRO Cubatão (Residencial Vale Verde) – Santos (Paquetá)
956TRO São Vicente (Joquei Clube) – Santos (Estação Conselheiro Nebias – VLT)
957TRO São Vicente (Joquei Clube) – Santos (Centro)
958TRO São Vicente (Vila Margarida) – Santos (Gonzaga)
959TRO São Vicente (Vila Margarida) – Santos (Vila Matias)
961TRO Santos (Caruara) – Bertioga (Riviera de São Lourenço)
962TRO São Vicente (Nautica III) – Santos (Gonzaga)
963TRO São Vicente (Nautica III) – Santos (Gonzaga)
964TRO Praia Grande (Terminal Tude Bastos) – Santos (Centro)
965TRO Praia Grande (Terminal Tude Bastos) – Santos (Centro)18
968TRO São Vicente (Parque Bitaru) – Santos (Ponta da Praia)
969TRO São Vicente (Parque Bitaru) – Santos (Ponta da Praia)
970TRO Praia Grande (Terminal Tatico) – Cubatão (Centro)